Le président de l'université Paris-Dauphine, par ses décisions, le conseil d'administration, par ses délibérations, le conseil scientifique, le conseil de la formation et de la vie étudiante, par leurs délibérations et leurs avis, assurent l'administration de l'établissement.

L'université Paris-Dauphine est dotée d'un comité d'analyse stratégique.