Chaque commission administrative paritaire nationale comprend, outre le directeur général de l'offre de soins, le directeur général de la cohésion sociale et le directeur général du Centre national de gestion, d'autres représentants de l'administration titulaires et suppléants qui sont désignés par le directeur général du Centre national de gestion dans le mois suivant la proclamation des résultats des élections des représentants du personnel.

Les représentants de l'administration sont choisis parmi les fonctionnaires des ministères chargés des affaires sociales et de la santé et du Centre national de gestion, de niveau au moins comparable à ceux des fonctionnaires représentés à la commission administrative paritaire nationale au sein de laquelle ils siègent.
La qualité de fonctionnaire titulaire n'est pas exigée des représentants de l'administration occupant des emplois mentionnés à l'article L. 341-1 pour lesquels la nomination est laissée à la décision du Gouvernement.

Pour la désignation de ses représentants, l'administration respecte la proportion minimale de 40 % de personnes de chaque sexe fixée à l'article L. 262-2. Cette proportion est calculée sur l'ensemble des membres représentant l'administration, titulaires et suppléants.