Le comité social d'administration ministériel est présidé par le ministre auprès duquel il est institué ou, par délégation, par son représentant.

Lorsqu'un comité social d'administration commun à plusieurs départements ministériels est créé en application de dispositions de l'article R. 251-4, ce comité est présidé par le ministre ayant autorité sur le service qui gère le personnel des services regroupés au sein de ce comité. Dans les autres cas, l'arrêté de création désigne l'autorité chargée de présider le comité social d'administration commun.

Les comités sociaux autres que ceux mentionnés aux articles R. 254-2 et R. 254-3 sont présidés par l'autorité auprès de laquelle ils sont placés.
Dans le cas d'un comité social relevant de plusieurs départements ministériels, l'arrêté de création désigne l'autorité chargée de présider le comité.

L'acte créant la formation spécialisée de site ou la formation spécialisée de service mentionnées à l'article R. 251-29 désigne l'autorité qui la préside.

En cas d'empêchement, le président du comité ou de la formation spécialisée désigne son représentant parmi les représentants de l'administration exerçant des fonctions de responsabilité auprès de lui, ou, pour les formations spécialisées de site ou de service, au niveau de proximité. Il en est fait mention au procès-verbal de la réunion.