L'assemblée plénière du Conseil commun de la fonction publique et les formations spécialisées siègent valablement si, au sein de chaque collège, la moitié des membres ayant voix délibérative sont présents lors de l'ouverture de la réunion.
Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans le délai de huit jours à compter de la première séance aux membres de l'assemblée plénière ou de la formation spécialisée, qui siège alors valablement sur le même ordre du jour quel que soit le nombre de membres présents.
Si un vote unanime défavorable est exprimé par les membres du collège des représentants des organisations syndicales sur un point de cet ordre du jour lors de la seconde réunion, il ne peut être fait application des dispositions de l'article R. 242-46.

Seuls les membres titulaires des collèges mentionnés à l'article R. 242-2 participent au vote.
Les membres suppléants n'ont voix délibérative qu'en l'absence des membres titulaires qu'ils remplacent.

Les amendements présentés par les membres du Conseil commun ayant voix délibérative ou par le président sont présentés au plus tard quatre jours avant la date de l'examen par la formation spécialisée ou par l'assemblée plénière lorsqu'il est fait application des dispositions du 1° de l'article R. 242-39.
Lorsque le délai d'envoi de l'ordre du jour et des documents y afférent est ramené à huit jours conformément aux dispositions de l'article R. 242-40, les amendements des membres du Conseil commun ayant voix délibérative ou du président sont présentés au plus tard deux jours avant la date de l'examen par la formation spécialisée ou l'assemblée plénière.
Lorsque le président présente des amendements après l'expiration du délai de dépôt prévu aux alinéas précédents, il en informe les membres du Conseil commun ayant voix délibérative qui peuvent déposer des amendements portant sur l'article qu'il est proposé d'amender ou venant en concurrence avec l'amendement déposé lorsque celui-ci comporte un article additionnel.

Les amendements des membres ayant voix délibérative d'un des collèges mentionnés à l'article R. 242-1 adoptés à la majorité des suffrages exprimés par les membres présents lors de l'examen d'un projet de texte par la formation spécialisée mentionnée au 1° de l'article R. 242-19, ainsi que tous les amendements du président de cette formation et du président de l'assemblée plénière sont examinés par cette dernière.

Lorsqu'un projet de texte soumis à l'assemblée plénière recueille un vote unanime défavorable de la part des membres du collège des représentants des organisations syndicales, le projet de texte fait l'objet d'un réexamen et une nouvelle délibération de l'assemblée plénière est organisée dans les conditions prévues au 1° de l'article R. 242-39, dans un délai qui ne peut être inférieur à huit jours ni excéder trente jours. La nouvelle convocation est adressée dans le délai de huit jours à compter de la première séance aux membres du Conseil commun.
Le Conseil commun siège alors valablement quel que soit le nombre de membres présents. Il ne peut être appelé à délibérer une nouvelle fois suivant cette procédure.
Le président du Conseil commun informe les membres du conseil des concertations conduites entre l'expression du vote unanime défavorable et le nouvel examen du texte par les membres du Conseil commun.

Les séances du Conseil commun de la fonction publique ne sont pas publiques.

L'avis d'un collège est réputé favorable ou défavorable lorsque la majorité de ses membres présents avec voix délibérative s'est prononcée en ce sens. A défaut de majorité, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.

Les formations spécialisées prévues aux 2° à 5° de l'article R. 242-19 peuvent assortir leur avis de toute proposition au président du Conseil commun sur les questions dont elles ont été saisies.

Après chaque séance de l'assemblée plénière et de la formation spécialisée du Conseil commun de la fonction publique, un procès-verbal est établi. Ce document est signé par le président et transmis dans un délai d'un mois aux membres du Conseil commun. Il est soumis à leur approbation lors de la séance suivante.

Les projets soumis au Conseil commun et les avis émis par ce dernier sont rendus publics sur le site internet du ministère de la fonction publique et sont portés à la connaissance du Conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat, du Conseil supérieur de la fonction publique territoriale et du Conseil supérieur de la fonction publique hospitalière.