Les cours d'eau, parties de cours d'eau ou canaux qui jouent le rôle de réservoir biologique au sens du 1° du I de l'article L. 214-17 sont ceux qui comprennent une ou plusieurs zones de reproduction ou d'habitat des espèces de phytoplanctons, de macrophytes et de phytobenthos, de faune benthique invertébrée ou d'ichtyofaune, et permettent leur répartition dans un ou plusieurs cours d'eau du bassin versant.

Constitue un obstacle à la continuité écologique, au sens du 1° du I de l'article L. 214-17 et de l'article R. 214-1, l'ouvrage entrant dans l'un des cas suivants :

1° Il ne permet pas la libre circulation des espèces biologiques, notamment parce qu'il perturbe significativement leur accès aux zones indispensables à leur reproduction, leur croissance, leur alimentation ou leur abri ;

2° Il empêche le bon déroulement du transport naturel des sédiments ;

3° Il interrompt les connexions latérales avec les réservoirs biologiques ;

4° Il affecte substantiellement l'hydrologie des réservoirs biologiques.

Le préfet du département établit un avant-projet de liste à l'issue d'une concertation avec les principaux représentants des usagers de l'eau dans le département, la fédération départementale ou interdépartementale des associations de pêche et de protection du milieu aquatique, les associations agréées de protection de l'environnement qu'il choisit et la commission locale de l'eau lorsqu'il existe un schéma d'aménagement et de gestion des eaux approuvé.

La conférence administrative de bassin harmonise les avant-projets de liste des différents départements appartenant à un même bassin.

Le préfet coordonnateur de bassin établit un projet de liste par bassin ou sous-bassin et fait procéder à l'étude, prévue au II de l'article L. 214-17, de l'impact sur les différents usages de l'eau des inscriptions sur cette liste projetées ; cette étude comporte une analyse des coûts et des avantages économiques et environnementaux, en distinguant les avantages marchands et non marchands.

Le projet de liste et l'étude de l'impact sont transmis par les préfets intéressés pour avis aux conseils départementaux et aux établissements publics territoriaux de bassin concernés et, en Corse, à l'Assemblée de Corse. Les avis sont réputés favorables s'ils n'interviennent pas dans un délai de quatre mois à compter de la transmission de la demande d'avis.

Le préfet coordonnateur de bassin, après avis du comité de bassin, dresse la liste par bassin ou sous-bassin et fixe les modalités de sa mise à disposition du public par un arrêté qui est publié au Journal officiel de la République française.

La liste est modifiée selon les modalités prévues pour son établissement par les alinéas précédents.

Doit être regardé comme présentant un fonctionnement atypique au sens du I de l'article L. 214-18 le cours d'eau ou la section de cours d'eau entrant dans l'un des cas suivants :

1° Son lit mineur présente des caractéristiques géologiques qui sont à l'origine de la disparition d'une part importante des écoulements naturels à certaines périodes de l'année ;

2° Son aval immédiat, issu d'un barrage d'une hauteur supérieure ou égale à vingt mètres ou à usage hydroélectrique d'une puissance supérieure à vingt mégawatts, est noyé par le remous du plan d'eau d'un autre barrage répondant également à l'un de ces deux critères ;

3° Les espèces énumérées à l'article R. 214-108 en sont absentes ;

4° Il s'agit d'un cours d'eau méditerranéen dont la moyenne interannuelle du débit mensuel naturel le plus bas est inférieur au dixième du module. On entend par cours d'eau méditerranéen, les cours d'eau situés en Corse et, pour ceux relevant du bassin Rhône-Méditerranée, leurs parties situées dans les départements des Hautes-Alpes, des Alpes-de-Haute-Provence, des Alpes-Maritimes, du Var, des Bouches-du-Rhône, du Vaucluse, du Gard, de l'Hérault, de l'Aude, des Pyrénées-Orientales, de la Drôme, de l'Ardèche ou de la Lozère.

Dans le cas prévu au 3°, la fixation d'un débit minimal inférieur est toutefois subordonnée à la condition que ce débit n'ait pas pour conséquence de détériorer l'état du cours d'eau non atypique situé immédiatement à l'aval.

Dans le cas prévu au 4°, la fixation d'un débit minimal inférieur est toutefois subordonnée à la condition que malgré la mise en œuvre ou la programmation de toutes les mesures d'économie d'eau techniquement et économiquement réalisables, le respect du débit minimum du vingtième du module ne permet pas de satisfaire les prélèvements destinés à l'alimentation en eau potable ou à l'irrigation gravitaire en période d'étiage estival. Ce débit minimal inférieur est limité à une durée de trois mois à l'intérieur de la période d'étiage estival et ne peut pas être inférieur au quarantième du module.

La variation des valeurs de débit minimal fixées dans les actes d'autorisation ou de concession selon les périodes de l'année autorisée par le II de l'article L. 214-18 doit garantir :

1° En permanence la vie, la circulation et la reproduction des espèces présentes dans le cours d'eau lorsqu'il s'agit de satisfaire des usages ou besoins périodiques ;

2° Un usage normal de l'ouvrage lorsqu'il s'agit de permettre l'accomplissement du cycle biologique des espèces

Le préfet du département peut fixer des débits minimaux temporaires pour une période d'étiage naturel exceptionnel en application du deuxième alinéa du II de l'article L. 214-18. Ces débits temporaires doivent maintenir un écoulement en aval de l'ouvrage.

Les ouvrages qui contribuent, par leur capacité de modulation, à la production d'électricité en période de pointe de la consommation au sens de l'article L. 214-18 sont les ouvrages concourant à l'alimentation en eau des usines dont la liste est fixée ainsi qu'il suit :