Le projet de désignation d'un site Natura 2000 est établi :

– par le ou les préfets de département lorsque le site s'étend exclusivement sur des espaces terrestres ;

– par le préfet maritime lorsque le site s'étend exclusivement sur des espaces marins situés au-delà de la laisse de basse mer ;

– conjointement par le ou les préfets de département et le préfet maritime lorsque le site s'étend à la fois sur des espaces terrestres et des espaces marins ou lorsque le site s'étend exclusivement sur des espaces marins qui incluent l'estran.

II. – Lorsque le site inclut tout ou partie d'un terrain militaire, le ou les préfets compétents pour établir le projet de désignation d'un site Natura 2000 recueillent l'accord du commandant de la zone terre sur ce projet.

Lorsque le site comprend des espaces marins, ils recueillent l'accord du commandant de zone maritime sur la délimitation de ces espaces.

III. – Le ou les préfets compétents pour établir le projet de désignation d'un site Natura 2000 soumettent pour avis le projet de périmètre du site :

1° Aux communes et aux établissements publics de coopération intercommunale concernés ;

2° Pour les sites exclusivement terrestres, au conseil régional ou, en Corse, à l'Assemblée de Corse ;

3° Lorsque le projet de périmètre recouvre en tout ou partie celui d'un espace naturel sensible, au conseil départemental concerné.

Ces collectivités ou établissements émettent leur avis motivé dans le délai de quatre mois à compter de leur saisine. A défaut de s'être prononcés dans ce délai, ils sont réputés avoir émis un avis favorable.

IV. – Le ou les préfets compétents pour établir le projet de désignation d'un site Natura 2000 transmettent au ministre chargé de l'environnement ce projet, assorti des avis qu'ils ont le cas échéant recueillis. S'ils s'écartent des avis motivés mentionnés au III, ils en indiquent les raisons dans le projet qu'ils transmettent.

Saisi d'un projet de désignation d'une zone spéciale de conservation, le ministre chargé de l'environnement peut proposer la zone pour la constitution du réseau écologique européen Natura 2000. Cette proposition est notifiée à la Commission européenne.

La notification de proposition de site à la Commission européenne est portée à la connaissance des maires des communes , des présidents des établissements publics de coopération intercommunale ainsi que, pour les sites exclusivement terrestres, du président du conseil régional ou, en Corse, du président du conseil exécutif et, lorsque le site recouvre en tout ou partie un espace naturel sensible, du président du conseil départemental consultés en application du III de l'article R. 414-3 par le ou les préfets ayant procédé à cette consultation.

Lorsque la zone proposée est inscrite par la Commission européenne sur la liste des sites d'importance communautaire, le ministre chargé de l'environnement prend un arrêté la désignant comme site Natura 2000.

Saisi d'un projet de désignation d'une zone de protection spéciale, le ministre chargé de l'environnement prend un arrêté désignant la zone comme site Natura 2000. Sa décision est notifiée à la Commission européenne.

Lorsque le site inclut tout ou partie d'un terrain militaire ou des espaces marins, le ministre chargé de l'environnement et le ministre de la défense décident conjointement de proposer le site à la Commission européenne dans les conditions prévues à l'article R. 414-4 et de désigner le site comme site Natura 2000.

L'arrêté portant désignation d'un site Natura 2000 est publié au Journal officiel de la République française.

Le ou les préfets ayant procédé à la consultation prévue au III de l'article R. 414-3 transmettent l'arrêté de désignation du site Natura 2000 et ses annexes, comportant notamment la carte du site, sa dénomination, sa délimitation ainsi que l'identification des habitats naturels et des espèces justifiant cette désignation, aux maires des communes, aux présidents des établissements publics de coopération intercommunale ainsi que, pour les sites exclusivement terrestres, au président du conseil régional ou, en Corse, au président du conseil exécutif et, lorsque le site recouvre en tout ou partie un espace naturel sensible, au président du conseil départemental. Cet envoi est effectué par voie électronique, sauf demande explicite contraire de la ou des personnes publiques.

Ces documents sont publiés sur le site internet de l'inventaire national du patrimoine naturel hébergé par le Muséum national d'histoire naturelle. Ils sont tenus à la disposition du public dans les services du ministère chargé de l'environnement, à la préfecture et dans les mairies des communes situées dans le périmètre du site.