L'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique est administré par un conseil d'administration, assisté d'un comité d'investissement et d'un comité d'audit, et dirigé par un directeur.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur le rapport du ministre de la défense, pour une durée de trois ans renouvelable une fois. Il est choisi parmi les membres du Conseil d'Etat, de la Cour des comptes ou du corps de l'inspection générale des finances.

Un suppléant du président du conseil d'administration est nommé par arrêté du ministre de la défense pour une durée de trois ans renouvelable une fois.

Le directeur est nommé par arrêté du ministre de la défense. La durée de son mandat est de trois ans renouvelable une fois.

Le conseil d'administration de l'établissement comprend, outre son président, dix-huit membres :

1° Dix membres représentant l'Etat :

a) Le chef d'état-major des armées ou son représentant ;

b) Le délégué général pour l'armement ou son représentant ;

c) Le chef d'état-major de l'armée de terre ou son représentant ;

d) Le chef d'état-major de la marine ou son représentant ;

e) Le chef d'état-major de l'armée de l'air et de l'espace ou son représentant ;

f) Le secrétaire général pour l'administration du ministère de la défense ou son représentant ;

g) Le directeur général de la gendarmerie nationale ou son représentant ;

h) Le directeur général du Trésor ou son représentant ;

i) Le directeur du budget ou son représentant ;

j) Le directeur général de l'aviation civile ou son représentant.

Les représentants sont désignés à raison de leurs fonctions ;

2° Cinq membres, représentant les cotisants désignés par arrêté du ministre de la défense, sur proposition du Conseil supérieur de la fonction militaire, parmi ses membres et pour la durée de leur mandat en son sein. Des membres suppléants sont nommés dans les mêmes conditions ;

3° Trois personnalités qualifiées, choisies pour leurs compétences dans les domaines de la gestion publique et des organismes d'assurance et de prévoyance et nommées par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre de l'intérieur et du ministre chargé des finances. La durée de leur mandat est de trois ans renouvelable une fois.

Le directeur de l'établissement, l'autorité chargé du contrôle budgétaire et l'agent comptable près l'établissement assistent aux réunions du conseil d'administration avec voix consultative.

Le mandat des membres du conseil d'administration est gratuit, sous réserve du remboursement des frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils et militaires de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit, sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour, aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige, et au minimum deux fois par an. La convocation est de droit lorsqu'elle est demandée par le ministre de la défense ou par le tiers au moins des membres à condition que la demande porte sur un ordre du jour déterminé.
Les convocations et l'ordre du jour sont, sauf urgence déclarée, adressés quinze jours ouvrés au moins avant la date de la réunion.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente ou réputée présente.
Sont réputés présents les membres participant à la réunion du conseil par des moyens de visioconférence ou de télécommunication permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale, sauf lorsque le conseil d'administration est réuni pour délibérer sur les matières mentionnées aux 1° et 5° de l'article R. 3417-12.
Si ce nombre n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Les délibérations du conseil sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le conseil d'administration adopte son règlement intérieur.

Le conseil d'administration délibère sur les affaires relatives à l'objet de l'établissement, et notamment sur :

1° Le budget de l'établissement et ses éventuelles modifications au cours de l'exercice. Ce budget comprend un budget pour chaque fonds de prévoyance et un budget pour le siège ;

2° Les orientations générales, d'une part, de la politique de placement des fonds de prévoyance et, d'autre part, de la politique immobilière dans le respect de l'article R. 3417-22. A cet effet, il fixe la part des résultats destinée à abonder le montant à investir afin d'assurer les missions prévues au 3° de l'article R. 3417-3 ;

3° La convention mentionnée à l'article R. 3417-21 ;

4° Le compte financier ;

5° Le rapport annuel d'activité ;

6° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;

7° Les transactions.

Il propose au ministre de la défense toute mesure tendant à maintenir l'équilibre financier de l'établissement.

Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance et un administrateur.
Le procès-verbal est adressé au ministre de la défense, au ministre chargé de l'économie, au ministre chargé du budget et au ministre chargé des transports, dans les quinze jours qui suivent la séance.

Les délibérations mentionnées à l'article R. 3417-12 sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse, à l'expiration d'un délai de vingt jours à compter de la date de réception du procès-verbal par le ministre de la défense. Dans ce délai, le ministre de la défense peut refuser d'approuver ces délibérations ou décider de surseoir à leur application.

Les délibérations mentionnées aux 2°, 3° et 5° de l'article R. 3417-12 sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse, à l'expiration d'un délai de vingt jours à compter de la date de réception du procès-verbal par le ministre chargé de l'économie. Celles portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Lorsque le ministre de la défense, le ministre chargé de l'économie ou le ministre chargé du budget demande par écrit des informations complémentaires, le délai de vingt jours est suspendu jusqu'à la date de leur réception par le ministre intéressé.

Lorsqu'au vu des éléments dont il dispose, le ministre de la défense ou le ministre chargé de l'économie estime que les réserves directement mobilisables du fonds de prévoyance militaire ou du fonds de prévoyance de l'aéronautique ne permettent pas de couvrir les prestations annuelles à verser, il en informe par écrit le président du conseil d'administration.
Afin que soit arrêté un programme de rétablissement visant à assurer cette couverture, le ministre intéressé demande au président du conseil d'administration de convoquer le conseil dans un délai de quinze jours à compter de la date de réception de la demande.
Si le programme de rétablissement n'est pas approuvé par le conseil d'administration, un programme est mis en œuvre par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé de l'économie.