Le SHOM est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général.

Le conseil d'administration est présidé par le chef d'état-major de la marine ou son suppléant qui est nommé par arrêté du ministre de la défense.

Le directeur général est nommé par décret pour une durée de trois ans renouvelable. Nul ne peut être nommé s'il ne possède les qualifications reconnues par l'Organisation hydrographique internationale pour l'exercice de ses responsabilités en matière de sécurité de la navigation.

Le conseil d'administration du SHOM comprend, outre son président, dix-neuf membres :
1° Cinq membres de droit représentant le ministre de la défense :
a) Le chef d'état-major des armées ou son représentant ;
b) Le délégué général pour l'armement ou son représentant ;
c) Le secrétaire général pour l'administration ou son représentant ;
d) L'amiral commandant les forces sous-marines et la force océanique stratégique ou son représentant ;
e) Le sous-chef d'état-major opérations aéronavales de l'état-major de la marine ou son représentant.
2° Cinq représentants de différents ministres, nommés par arrêté du ministre de la défense sur proposition du ministre concerné :
a) Un représentant du ministre chargé du budget ;
b) Un représentant du ministre chargé de l'industrie ;
c) Un représentant du ministre chargé de la mer ;
d) Un représentant du ministre chargé de l'environnement ;
e) Un représentant du ministre chargé de l'outre-mer.
3° Le secrétaire général de la mer ou son représentant.
4° Quatre personnalités qualifiées choisies en raison de leur compétence et nommées par arrêté du ministre de la défense.
5° Quatre membres représentant le personnel de l'établissement, dont :
a) Trois titulaires élus par le personnel civil pour trois ans suivant des modalités fixées par arrêté du ministre de la défense ;
b) Un militaire nommé par le directeur général, après tirage au sort parmi les volontaires issus du personnel militaire du SHOM.
A l'exception des membres mentionnés au 4°, des suppléants sont désignés dans les mêmes conditions.
En cas de vacance survenant, pour quelque cause que ce soit, plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre titulaire ou suppléant du conseil d'administration, il est procédé à son remplacement pour la durée restant à courir de ce mandat.

Le directeur général, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Le contrôle général des armées est tenu informé des séances du conseil d'administration. Il peut s'y faire représenter par l'un de ses membres.
Le président du conseil d'administration peut décider l'audition par le conseil d'administration de toute personne.

Le mandat des membres du conseil d'administration est gratuit, sous réserve du remboursement des frais de déplacement et de séjour qui s'effectuent dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit, sur convocation de son président, aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige et au minimum deux fois par an. La convocation est de droit si elle est demandée par le ministre de la défense ou par la moitié au moins des membres sur un ordre du jour déterminé.
Le conseil ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente ou réputée présente.
Sont réputés présents les membres participant à la réunion du conseil par des moyens de visioconférence ou de télécommunication permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale, sauf lorsque le conseil d'administration est réuni pour délibérer sur les matières mentionnées au 4° de l'article R. 3416-15.
Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximum de vingt jours. Il délibère alors valablement sans condition de quorum.
Les décisions sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Les délibérations font l'objet de procès-verbaux signés du président et adressés au ministre de la défense dans le mois qui suit la séance.

Le conseil d'administration détermine, dans le cadre des orientations fixées par le ministre de la défense, la politique générale de l'établissement.
Il délibère sur les affaires relatives à l'objet de l'établissement, notamment :
1° Les orientations stratégiques du SHOM et, en particulier, le contrat d'objectifs et de moyens passé avec le ministre de la défense ;
2° Les programmes généraux d'activité et d'investissements proposés par le directeur général ;
3° Le rapport annuel d'activité ;
4° Le budget de l'établissement et ses modifications, ainsi que le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;
5° La conclusion d'emprunts à moyen et long terme, les prises, extensions et cessions de participation ainsi que la participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
6° L'acquisition ou l'aliénation de biens immobiliers ;
7° Les contrats, concessions, autorisations d'occupation et d'exploitation du domaine public ainsi que les délégations de service public ;
8° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel ;
9° Les actions en justice et les transactions ;
10° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
11° Le règlement intérieur de l'établissement ;
12° Le tarif des redevances et rémunérations de toute nature dues à l'établissement ;
13° La composition, l'organisation et le fonctionnement des comités consultatifs prévus par l'article R. 3416-19.
Il donne son avis sur l'organisation générale du SHOM et sur les questions qui lui sont soumises par le ministre de la défense, le président du conseil d'administration ou le directeur général.
Il peut déléguer au directeur général, dans la limite qu'il détermine, certaines de ses attributions, à l'exception de celles mentionnées aux 1°, 2°, 3°, 4°, 11° et 13° du présent article.
Le directeur général rend compte, lors de la prochaine réunion du conseil d'administration, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires à l'expiration d'un délai de quinze jours à compter de leur réception par le ministre de la défense et le ministre chargé du budget. Dans ce délai, l'un ou l'autre de ces ministres peut s'opposer à l'exécution des délibérations. En cas d'urgence, l'un ou l'autre de ces ministres peut en autoriser l'exécution immédiate.
Les projets de budget et de décision modificative sont communiqués au ministre de la défense et au ministre chargé du budget quinze jours au moins avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations à caractère budgétaire sont exécutoires à l'expiration d'un délai de quinze jours à compter de leur réception par le ministre de la défense et le ministre chargé du budget, sauf opposition expresse de l'un ou l'autre de ces ministres notifiée pendant ce délai.
En cas de refus d'approbation, le conseil d'administration dispose d'un délai de quinze jours pour délibérer à nouveau. A l'issue de cette nouvelle délibération, s'il n'est pas approuvé, ou à défaut d'une nouvelle délibération, le budget est arrêté conjointement par le ministre de la défense et le ministre chargé du budget.
Les délibérations et décisions relatives aux acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles, aux emprunts y afférents, aux prises de participations financières et à la participation à des organismes dotés de la personnalité morale ne sont exécutoires qu'après approbation expresse du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.
A défaut de notification d'une opposition de l'un ou de l'autre ministre dans un délai de trois mois suivant la transmission de la délibération ou de la décision, celle-ci est réputée approuvée.

Le directeur général dirige l'établissement public dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration et lui rend compte chaque année de sa gestion. A ce titre, il exerce, outre celles qui lui sont déléguées par le conseil d'administration, les compétences suivantes :
1° La préparation des délibérations du conseil d'administration et leur exécution ;
2° Le contrôle du bon fonctionnement des services de l'établissement ;
3° La gestion sous son autorité du personnel qu'il engage, nomme, affecte et licencie ;
4° L'ordonnancement des recettes et des dépenses ;
5° La signature des contrats et conventions engageant l'établissement. A ce titre, il est pouvoir adjudicateur ;
6° La représentation de l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ainsi que dans ses rapports avec les tiers.

Le directeur général est assisté par un directeur adjoint, nommé par arrêté du ministre de la défense sur sa proposition, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.
Il peut déléguer au directeur adjoint une partie de ses compétences.
Il peut également déléguer sa signature aux agents placés sous son autorité, dans la limite de leurs attributions.

Le comité directeur de l'océanographie militaire et le comité consultatif des utilisateurs des documents, levés et prestations du SHOM, dont les attributions et la composition sont fixées par arrêtés du ministre de la défense, assistent le conseil d'administration et le directeur général.

Sur proposition du directeur général, le conseil d'administration peut décider de la création de comités consultatifs dont il fixe l'objet, la composition et la durée.

Le SHOM comprend notamment :
1° Des groupes hydrographiques et océanographiques ;
2° Une école.

Les groupes hydrographiques ou océanographiques exécutent les levés au moyen de navires de la marine nationale ou civils dédiés principalement à l'hydrographie et à l'océanographie.
Un arrêté du ministre de la défense précise leur organisation. Il fixe, en outre, les principes généraux et les conditions financières dans lesquelles des bâtiments de la marine nationale sont mis à leur disposition et les modalités suivant lesquelles le SHOM propose la planification d'utilisation des moyens spécialisés.

Un arrêté du ministre de la défense précise les missions, l'organisation et les modalités de fonctionnement de l'école prévue à l'article R. 3416-20.