Représentant permanent de l'autorité de la France, à la fois dans les eaux sous souveraineté ou sous juridiction nationale et en haute mer, ainsi que, s'il y a lieu et sous réserve des compétences reconnues aux Etats étrangers, dans les eaux sous souveraineté ou sous juridiction d'autres Etats, le commandant de navire de guerre a pour mission d'y faire respecter les intérêts nationaux et d'y protéger les ressortissants français.
En vertu des dispositions législatives l'habilitant à cet effet, le commandant de navire de guerre a le devoir de rechercher et de constater les infractions au droit international et au droit français commises en mer. Il exerce les mesures de contrôle et de coercition prévues par le droit international, la législation et la réglementation françaises, notamment celles prévues au livre V de la première partie du présent code.
Ces dispositions sont applicables aux commandants de bord des aéronefs de l'aéronautique navale.

Le commandant de navire de guerre exerce les missions de police administrative et, le cas échéant, de police judiciaire pour lesquelles il est habilité.
En temps de guerre, il dispose, en outre, des pouvoirs de police judiciaire prévus au deuxième alinéa de l'article L. 212-2 du code de justice militaire.

Le commandant de navire de guerre a, vis-à-vis des navires de commerce français, les pouvoirs disciplinaires et judiciaires définis par le code disciplinaire et pénal de la marine marchande.

L'autorité du commandant d'élément de force maritime s'exerce sur toutes les personnes civiles ou militaires présentes au sein de l'élément, qu'elles y soient affectées, stationnées ou de passage.
Sous réserve des dispositions de l'alinéa précédent, le personnel étranger présent au sein de l'élément demeure soumis, sauf accords particuliers, aux règles administratives de l'Etat dont il est ressortissant.

Dans toutes les circonstances importantes ou délicates, le commandant de navire de guerre dirige ou assure en personne la manœuvre du navire. La présence d'un pilote civil ou militaire ne le décharge pas de ses responsabilités.

En cas d'avarie au matériel, d'incendie, d'accident grave ou d'événement de mer, le commandant d'élément de force maritime informe l'autorité supérieure. Il prend immédiatement toute mesure propre à sauvegarder la vie des personnes présentes sur les lieux de l'événement, à garantir la sécurité de l'élément, à établir les responsabilités et à protéger les intérêts de l'Etat.
Il fait dresser un procès-verbal au journal de bord constatant les circonstances de l'événement, l'identité et la nationalité des personnes concernées ou victimes, la nature des principales avaries.
Il adresse, dans les plus brefs délais, un compte rendu détaillé à l'autorité supérieure et au président de la commission d'enquête prévue à l'article D. 3223-11, s'il en a été nommé une.
Les mesures à prendre en cas d'accident aérien font l'objet d'une instruction particulière.

En cas d'évacuation, le commandant d'élément de force maritime quitte son poste le dernier.
Après évacuation, le commandant ou son remplaçant conserve l'exercice de ses pouvoirs sur tout le personnel évacué. Dans la mesure de ses possibilités, il pourvoit à tous les besoins du personnel jusqu'à ce qu'il ait pu remettre ses pouvoirs à une autorité qualifiée pour en prendre la charge.
En cas de perte de l'élément, une commission d'enquête est réunie conformément à l'article D. 3223-11.
S'il y a lieu, l'action publique est engagée selon les dispositions du code de procédure pénale en temps de paix ou du code de justice militaire en temps de guerre.

Le commandant d'un porte-aéronefs a, envers les formations et les détachements d'aéronefs embarqués, les attributions d'un commandant d'aéronautique navale locale.
En matière de discipline générale et de sécurité de la navigation, le commandant d'un navire affecté à une mission hydrographique ou océanographique a autorité sur tout le personnel se trouvant à son bord. En dehors de ces domaines, il apporte son concours au directeur de la mission ou exerce cette dernière fonction dans les conditions prévues par des textes particuliers.
Dans le cas de navires ou de groupes de petits navires ayant un taux d'activité à la mer particulièrement élevé, plusieurs équipages peuvent leur être affectés, certains étant dits en fonction, d'autres de relève. Le commandant de l'équipage en fonction exerce seul le commandement du navire.

Lorsque le commandant d'élément de force maritime ne possède plus les aptitudes nécessaires pour exercer son commandement et qu'il n'y a pas dans l'état-major de l'élément d'officier apte à le remplacer ou qu'il n'est pas envisagé qu'il puisse reprendre ses fonctions, ou dans les cas de suspension pour faute grave dont les conditions sont fixées à l'article L. 4137-5, et si le caractère inopiné de la vacance ne permet pas la nomination en temps utile du remplaçant, l'autorité dont relève l'élément procède immédiatement à son remplacement par la désignation d'un commandant provisoire et en rend compte sans délai au chef d'état-major de la marine.
Lorsque le titulaire n'est pas susceptible de reprendre ses fonctions, le chef d'état-major de la marine propose ensuite au ministre de la défense soit de confirmer le commandant provisoire dans ses fonctions par une nomination définitive, soit de nommer un nouveau commandant.

Le commandant d'un élément de force maritime qui se trouve dans une situation d'isolement de fait est considéré comme un commandant de force maritime et applique, dans la mesure appropriée à son échelon, les dispositions de la présente section.