Le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux comprend les sections suivantes :
La première section « mission d'inspection générale et d'audit » pilote l'ensemble des missions d'audit, d'inspection et de contrôle.
La deuxième section « économie agricole et agroalimentaire » est compétente en matière d'économie des entreprises et des filières agricoles, d'élevage, halieutiques, aquacoles et agroalimentaires ainsi que de politiques qui y concourent.
La troisième section « alimentation et santé » est compétente pour les questions relatives à la politique de l'alimentation, à la sécurité sanitaire, à la qualité nutritionnelle et organoleptique des aliments, à la santé et au bien-être des animaux, à la prévention des zoonoses, à la protection des végétaux et à ses effets sur l'environnement.
La quatrième section « forêts, ressources naturelles et territoires » est compétente pour les questions relatives à la forêt et au bois, à la nature, à la biodiversité, à l'eau, au milieu marin, et aux risques qui leur sont liés, ainsi qu'à l'aménagement et au développement des territoires ruraux.
La cinquième section « formation, recherche et métiers » est compétente pour les questions relatives à la recherche et à l'enseignement supérieur, à l'innovation et au développement, à l'emploi et à la protection sociale agricoles, à la formation en lien avec l'évolution des métiers ainsi qu'à la transformation du système éducatif.
La sixième section « gestion publique et réforme de l'Etat » est compétente en matière de gouvernance publique, d'organisation administrative, de modernisation, d'optimisation des ressources et performances, de simplification et de relations avec les usagers ainsi que de codification.
La septième section « international, prospective, évaluation et société » est compétente pour les questions relatives à la prospective, aux études et à l'évaluation, aux enjeux climatiques, aux enjeux des sciences et techniques pour la société ainsi que pour les questions internationales.

Le secrétaire général gère les moyens du conseil et assiste le vice-président dans ses missions.
Il assure le secrétariat du bureau et du comité d'animation et de coordination mentionné à l'article 4, ainsi que la convocation aux assemblées générales.
Il assure le secrétariat du comité de déontologie du conseil.
Le secrétariat général est composé de collaborateurs placés sous l'autorité du secrétaire général. Il est organisé en bureaux.
Le bureau des missions assure la gestion administrative des missions, de la lettre de commande jusqu'à la diffusion du rapport, fournit aux membres les documents types et les ressources documentaires, met en œuvre les actions de communication pour valoriser les missions.
Le bureau des affaires générales traite des questions relatives au budget, aux ressources humaines, à l'organisation et à la gestion de la formation continue, à l'informatique et à la logistique.

Le président de chaque section est assisté d'un collège, dans les conditions définies par le règlement intérieur du conseil général.
Les sections organisent la réflexion collective autour des travaux qui leur sont confiés. Elles veillent au maintien des compétences de leurs membres.

Le comité d'animation et de coordination, composé de membres du conseil général et présidé par le vice-président, est une instance de concertation sur les questions intéressant l'activité de ce conseil. Sa composition et ses modalités de fonctionnement sont fixées par le règlement intérieur du conseil général.

Des groupes de travail à caractère permanent ou temporaire peuvent être créés par décision du vice-président.

Le vice-président du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux est chargé de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.