Les congés pris au titre du compte épargne-temps sont assimilés à une période d'activité et sont rémunérés en tant que telle. Pendant ces congés, l'agent conserve, notamment, ses droits à avancement et à retraite et le droit aux congés prévus aux articles L. 214-1, L. 215-1, L. 422-1, L. 621-1, L. 631-3, L. 631-6, L. 631-7, L. 631-8, L. 631-9, L. 633-1, L. 634-1, L. 641-2, L. 642-1, L. 643-1, L. 644-1, L. 822-1, L. 822-6, L. 822-12, L. 822-26 et L. 823-1 du code général de la fonction publique. Il conserve également la rémunération qui était la sienne avant l'octroi de ce congé. Lorsque l'agent bénéfice d'un de ces congés, la période de congé en cours au titre du compte épargne-temps est suspendue.

A l'issue d'un congé de maternité, d'adoption ou de paternité et d'accueil de l'enfant, d'un congé de proche aidant ou d'un congé de solidarité familiale, l'agent, qui en fait la demande conformément aux dispositions mentionnées à l'article 10, bénéficie de plein droit des droits à congés accumulés sur son compte épargne-temps.