L'entreprise qui souhaite exercer la profession de transporteur public routier de personnes formule une demande d'autorisation en ce sens auprès du préfet de la région où elle a ou souhaite avoir son siège ou, pour une entreprise n'ayant pas son siège en France, son établissement principal. Celui-ci dispose d'un délai de trois mois, éventuellement prorogeable d'un mois dans l'hypothèse où le dossier présenté à l'appui de la demande s'avère incomplet, pour se prononcer sur cette demande.

Le préfet de région délivre à l'entreprise une autorisation d'exercer la profession lorsqu'elle satisfait aux exigences d'établissement, d'honorabilité professionnelle, de capacité financière et de capacité professionnelle prévues aux articles R. 3113-18 à R. 3113-42, sous réserve des dispositions des articles R. 3113-10 et R. 3113-11.

Les entreprises établies en France et autorisées en vertu de l'article R. 3113-3 à exercer une activité de transport public routier de personnes sont inscrites au registre électronique national des entreprises de transport par route dans les conditions prévues à l'article R. 3113-5.

Les entreprises ayant leur siège en France sont inscrites au registre par le préfet de la région où elles ont leur siège.
Les entreprises n'ayant pas leur siège en France sont inscrites au registre par le préfet de la région où leur établissement principal est situé. Celui-ci mentionne également au registre l'adresse du siège de l'entreprise.
Dans les cas prévus aux deux alinéas précédents, les établissements secondaires des entreprises situés sur le territoire national sont mentionnés au registre par le préfet de la région où l'entreprise est inscrite ainsi que, respectivement, par chacun des préfets des régions où ces établissements sont implantés.

Pour l'application des articles 16 à 18 du règlement (CE) n° 1071/2009 du Parlement européen et du Conseil du 21 octobre 2009 établissant des règles communes sur les conditions à respecter pour exercer la profession de transporteur par route et abrogeant la directive 96/26/ CE du Conseil, l'inscription au registre est réalisée sur un support électronique dans les conditions prévues par la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés.

Dans le cas des coopératives d'entreprises de transport public routier de personnes, les entreprises membres de la coopérative de même que celle-ci sont autorisées à exercer la profession de transport public routier de personnes conformément à l'article R. 3113-3 et sont inscrites au registre électronique national des entreprises de transport par route. L'inscription de la coopérative porte mention de la liste des entreprises qui en sont membres.

Les entreprises de taxis inscrites au registre avant le 31 décembre 2011 en ayant bénéficié pour cette inscription de la dispense de capacités financière et professionnelle conservent le bénéfice de leur inscription au registre jusqu'à la date d'échéance de leur licence de transport intérieur. Elles peuvent dans ce cadre exercer l'activité prévue à l'article R. 3113-11.

Sont également dispensées des exigences de capacités financière et professionnelle les entreprises de taxis lorsqu'elles assurent une activité de transport public routier de personnes au moyen d'un seul véhicule et que celui-ci n'excède pas neuf places, y compris celle du conducteur, ou est un véhicule taxi.
Lorsque la condition d'honorabilité professionnelle est attestée par la production de la carte professionnelle de conducteur de taxi de la personne qui assure la direction permanente et effective de l'activité de transport de l'entreprise, l'inscription au registre électronique national des entreprises de transport par route est de plein droit, sur la demande de celles-ci.

Lorsqu'une entreprise ne satisfait plus à l'une des exigences d'accès à la profession de transporteur public routier de personnes ou lorsqu'elle a fourni des informations inexactes relatives à ces exigences, le préfet de région l'en avise et l'informe des mesures susceptibles d'être prises à son encontre ainsi que de la possibilité de présenter ses observations écrites ou orales, le cas échéant assistée par un conseil ou représentée par un mandataire de son choix et la met en demeure de régulariser sa situation dans les délais suivants :
1° Un délai maximum de neuf mois en cas d'incapacité physique ou de décès du gestionnaire de transport ;
2° Un délai maximum de six mois en cas de cessation d'activité ou de perte d'honorabilité du gestionnaire de transport ou du responsable de l'entreprise ou lorsque le gestionnaire de transport a fait l'objet d'une condamnation prononçant une interdiction d'exercer une profession commerciale ou industrielle ou qu'il ne peut plus se prévaloir de sa capacité professionnelle en raison d'une déclaration d'inaptitude ;
3° Un délai maximum de six mois pour régulariser sa situation au regard de l'exigence d'établissement ;
4° Un délai maximum de six mois afin qu'elle démontre qu'elle sera en mesure de satisfaire à nouveau l'exigence de capacité financière de façon permanente dans un délai raisonnable, compte tenu de la situation de l'entreprise.

Lorsque l'entreprise ne s'est pas conformée à la mise en demeure à l'issue de l'un ou l'autre des délais prévus aux 1°, 2° ou 3° de l'article R. 3113-13, le préfet de région peut suspendre, pour une durée maximale de six mois, l'autorisation d'exercer la profession de transporteur public routier de personnes.
Lorsque l'entreprise ne peut démontrer, à l'issue du délai pendant lequel son autorisation a été suspendue, qu'elle a régularisé sa situation au regard des exigences ou des événements mentionnés aux 1°, 2° ou 3° de l'article R. 3113-13, le préfet de région peut lui retirer l'autorisation d'exercer la profession.

Lorsque l'entreprise ne s'est pas conformée à la mise en demeure à l'issue du délai prévu au 4° de l'article R. 3113-13, le préfet de région peut :
1° Lorsque l'entreprise ne fournit aucun élément, lui retirer l'autorisation d'exercer la profession de transporteur public routier de personnes ;
2° Lorsque l'entreprise fournit des éléments relatifs à l'évolution de la situation financière au regard de l'exigence de capacité financière, ajuster le nombre de copies certifiées conformes de la licence détenues par l'entreprise ou lui retirer l'autorisation d'exercer la profession de transporteur public routier de personnes si les éléments fournis ne sont pas susceptibles de permettre à l'entreprise de satisfaire à l'exigence de capacité financière.

La décision de suspension de l'autorisation d'exercer la profession de transporteur public routier de personnes entraîne le retrait temporaire de la licence communautaire et de la licence de transport intérieur mentionnées à l'article R. 3113-8 et celui des copies certifiées conformes correspondantes.
A défaut de restitution par l'entreprise de ses titres de transport dans le délai de quinze jours à compter de la réception de la décision de suspension, le préfet de région lui retire l'autorisation d'exercer la profession de transporteur public routier de personnes et la radie du registre électronique national des entreprises de transport par route.
Lorsque l'autorisation d'exercer la profession a été suspendue et que l'entreprise satisfait à nouveau aux exigences prévues aux articles R. 3113-18 à R. 3113-42, le préfet de région rapporte la décision de suspension de l'autorisation d'exercer la profession de transporteur public routier de personnes et restitue à l'entreprise sa licence et un nombre de copies certifiées conformes de licence correspondant au montant de sa capacité financière.

La décision de retrait de l'autorisation d'exercer la profession de transporteur public routier de personnes entraîne la radiation de l'entreprise du registre électronique national des entreprises de transport par route ainsi que le retrait de la licence communautaire ou de la licence de transport intérieur mentionnées à l'article R. 3113-8 et celui des copies certifiées conformes correspondantes.