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La cour des comptes juge les comptes et assure le contrôle de la gestion du centre national de la fonction publique territoriale.

Par dérogation aux articles 54 et 56 de la loi n° 82-213 du 2 mars 1982 précitée, le comptable du Centre national de la fonction publique territoriale est un comptable spécial nommé par le ministre chargé du budget après information préalable du conseil d'administration. Il est assisté par les agents comptables spéciaux secondaires placés auprès de chaque délégué régional. Un décret en Conseil d'Etat fixe le régime financier et comptable du Centre national de la fonction publique territoriale.