Le recteur d'académie, en qualité de chancelier des universités, représente le ministre de l'éducation nationale auprès des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel. Il assiste ou se fait représenter aux séances des conseils d'administration. Il reçoit sans délai communication de leurs délibérations ainsi que des décisions des présidents et directeurs, lorsque ces délibérations et ces décisions ont un caractère réglementaire.

Il assure la coordination des enseignements supérieurs avec les autres ordres d'enseignement.

Il dirige la chancellerie, établissement public national à caractère administratif qui, notamment, assure l'administration des biens et charges indivis entre plusieurs établissements.