L'agence peut attribuer des subventions et consentir des avances remboursables.

Elle peut percevoir notamment des redevances sur les inventions et procédés nouveaux auxquels elle a contribué, des redevances pour service rendu et le produit de taxes.

L'agence délègue à la région, à la demande de cette dernière, l'attribution de subventions et de concours financiers en matière de transition énergétique et d'économie circulaire prévus au titre de sa contribution au contrat de plan Etat-Région. L'agence ne peut s'opposer à la délégation d'un montant annuel de subventions et concours s'élevant à un maximum de 75 % de la moyenne des crédits annuels mobilisés par l'agence au titre du contrat de plan Etat-Région sur les trois dernières années. L'agence et la région volontaire concluent une convention de transition écologique régionale qui définit la durée de la délégation, le montant des subventions et concours délégués à la région, les critères d'attribution des aides, les objectifs à atteindre ainsi que les modalités de règlement des charges afférentes à cette délégation.