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Les fonds disponibles de l'office sont déposés au Trésor. Toutefois, pour les besoins de ses opérations courantes, des comptes peuvent être ouverts dans des établissements bancaires avec l'autorisation du ministre chargé de l'économie.

L'office peut, avec l'autorisation des ministres chargés de l'économie et de l'agriculture et de la pêche, recourir à des avances bancaires pour le financement temporaire d'opérations particulières, y compris pour des actions menées au titre de la réglementation communautaire.

En fin d'exercice, l'office reverse à l'Etat les sommes recouvrées au titre des pénalités sur cautions relevant des opérations communautaires et restant acquises aux Etats membres en vertu des règlements communautaires.

Le ministre chargé du budget fixe par arrêté les conditions dans lesquelles, en application d'un plan de contrôle établi par l'agent comptable et agréé par ce ministre, l'agent comptable peut exercer par sondages le contrôle des dépenses d'intervention économique.