Chaque section se réunit sur convocation de son président. Elle est réunie de droit lorsqu'un tiers de ses membres le demande.

Pour l'étude de chaque question, le président de la section désigne un ou plusieurs rapporteurs, qui peuvent être choisis en dehors de la section et du conseil supérieur. Le président de la section peut également constituer des groupes de travail, dont certains membres peuvent être choisis en dehors de la section et du conseil.

Des groupes de travail à caractère permanent peuvent être créés, sur proposition du président de la section, par arrêté du ministre chargé de la santé.

Les questions relevant du domaine de compétence de plusieurs sections peuvent être examinées conjointement par celles-ci, sur décision prise par le bureau. Les sections ainsi réunies siègent sous la présidence du président du conseil supérieur, éventuellement suppléé en cas d'empêchement par le plus âgé des présidents des sections concernées.

Les avis des sections sont émis au nom du conseil supérieur.

Les avis et recommandations de portée générale sont publiés dans leur intégralité au Bulletin officiel du ministère de la santé.

Toutes les personnes qui participent, même à titre occasionnel, aux travaux du conseil sont tenues au secret professionnel dans le cadre des règles instituées par le code pénal. Elles doivent faire preuve de discrétion professionnelle pour tous les faits, informations ou documents dont elles ont connaissance à l'occasion de leur participation à ces travaux.

Tout membre du conseil qui aurait un intérêt personnel direct ou indirect dans une affaire soumise à l'examen du conseil doit en faire la déclaration écrite au directeur général de la santé, qui en informe le président de la section. Ce membre du conseil ne peut être désigné comme rapporteur et ne peut participer ni aux débats ni au vote sur cette affaire. A défaut de cette déclaration, le ministre chargé de la santé procède à son remplacement.

Les experts qui contribuent aux travaux du conseil sans en être membres ne peuvent être désignés comme rapporteurs que s'ils ne possèdent aucun intérêt personnel direct ou indirect dans les affaires dont ils sont appelés à connaître.

La direction générale de la santé assure le secrétariat du conseil supérieur.