L'ensemble des pièces et documents au vu desquels il est envisagé de sanctionner le comparant est adressé au rapporteur dès la désignation de ce dernier.

Le rapporteur convoque le comparant et son défenseur. Il leur donne communication personnelle et confidentielle de l'ensemble des pièces et documents prévus à l'article R. 4137-101, recueille leurs explications et reçoit les pièces présentées en défense. Le comparant ou son défenseur fait en outre connaître au rapporteur l'identité des personnes qu'il demande à faire entendre par le conseil supérieur.
Le rapporteur dresse un procès-verbal mentionnant qu'il y a eu communication effective de l'ensemble des pièces et documents. Il le date et le signe ainsi que le comparant ; si celui-ci refuse de signer, mention est faite de son refus.
Si le comparant n'a pas répondu à la convocation, le rapporteur, en son absence, poursuit l'instruction du dossier.
Un exemplaire du procès-verbal est adressé au président du conseil supérieur.

Au reçu du procès-verbal, le président du conseil supérieur fixe la date de la réunion dudit conseil et convoque soit d'office, soit sur la demande du comparant les personnes dont l'audition est utile pour l'examen de l'affaire.
Il notifie la date de la réunion du conseil supérieur ainsi que la liste des personnes mentionnées à l'alinéa précédent au comparant de manière que celui-ci dispose, au reçu de cette notification, d'un délai de huit jours francs au moins avant la date de cette réunion. Il l'invite à se présenter aux lieu, jour et heure indiqués et l'avise que, s'il ne se présente pas, le conseil supérieur pourra siéger hors de sa présence. Il informe le défenseur de ces notifications.

En cas d'indisponibilité de l'un des membres du conseil, le ministre de la défense procède à son remplacement en tenant compte de l'ordre fixé dans la liste établie en application des dispositions de l'article R. 4137-99.

A l'ouverture de la réunion du conseil, le président informe le comparant et son défenseur que le conseil supérieur émet un avis sur les suites qui lui paraissent devoir être réservées à la procédure disciplinaire engagée.
Si le militaire ou son défenseur ne se présente pas, il est fait mention de cette absence au procès-verbal ; toutefois, le président peut ordonner une nouvelle convocation s'il estime justifié l'empêchement invoqué.
Le rapporteur donne lecture de son rapport. Le conseil supérieur prend ensuite connaissance des renseignements fournis par écrit et entend successivement et séparément les personnes mentionnées à l'article R. 4137-102. Le rapporteur, le comparant et son défenseur ainsi que les membres du conseil supérieur peuvent, sous l'autorité du président, leur poser des questions. Les membres du conseil peuvent, sous l'autorité du président, poser des questions au comparant.
Le comparant et son défenseur présentent alors leurs observations. En cas d'une intervention postérieure d'un membre du conseil supérieur ou du rapporteur, le comparant et son défenseur peuvent prendre à nouveau la parole, le comparant s'exprimant en tout état de cause le dernier.
Le président invite alors le rapporteur, le comparant et son défenseur à se retirer.

Au vu des observations écrites produites devant le conseil supérieur et compte tenu, le cas échéant, des déclarations orales du comparant et des personnes entendues, le président met l'affaire en délibéré. Il pose les questions permettant au conseil supérieur de donner son avis sur les suites qui paraissent devoir être réservées à la procédure disciplinaire engagée.
Le cas échéant, le président du conseil peut décider de suspendre les délibérations et d'entendre à nouveau le comparant et son défenseur.
Le président peut également ordonner un complément d'enquête, dont il fixe le délai qui ne peut être supérieur à un mois, s'il estime que le conseil n'est pas suffisamment éclairé sur les circonstances dans lesquelles les faits se sont produits.
Le président du conseil supérieur met aux voix la proposition de sanction la plus sévère parmi celles qui ont été exprimées lors du délibéré. Si cette proposition ne recueille pas l'accord de la majorité des membres, le président met aux voix les autres sanctions figurant dans l'échelle des sanctions disciplinaires en commençant par la plus sévère, jusqu'à ce que l'une d'elles recueille un tel accord.
Dans l'hypothèse où la délibération ne permet pas de recueillir l'accord de la majorité des membres sur une proposition de sanction, le conseil est considéré comme ayant été consulté et ne s'étant prononcé en faveur d'aucune sanction.

Le président et les autres membres du conseil supérieur ne peuvent s'abstenir et doivent répondre par oui ou par non à chaque question posée. Le vote a lieu à bulletin secret. La majorité forme l'avis du conseil supérieur. En cas d'égalité des votes, celui du président du conseil supérieur est prépondérant.
L'avis du conseil supérieur, établi dès la fin de la séance, est signé par tous ses membres et immédiatement envoyé au ministre de la défense.

Le conseil supérieur est dissous de plein droit après avoir donné son avis sur l'affaire pour laquelle il a été réuni. Ses membres sont tenus au secret des délibérations.

La décision prise à la suite de l'avis du conseil supérieur est notifiée par écrit, avec l'avis émis par le conseil, à l'officier général en cause. Une copie de la décision est transmise au président du conseil.

Lorsque plusieurs officiers généraux sont impliqués dans une même affaire, ils comparaissent devant un seul conseil supérieur.
Ce conseil supérieur comprend :
1° Pour chaque comparant, le chef d'état-major d'armée ou l'autorité correspondante pour les formations rattachées, parmi lesquels le ministre de la défense désigne le président ;
2° Un inspecteur général des armées ;
3° Trois généraux de division, et, sauf impossibilité, tous plus anciens dans leur grade que le comparant le plus élevé en grade si celui-ci est général de division ;
4° Pour chaque comparant, un officier général du même grade et de la même armée ou formation rattachée, et, sauf impossibilité, plus ancien dans le grade détenu par le comparant.
Lorsque les effectifs d'une armée ou d'une formation rattachée ne permettent pas de pourvoir aux sièges des membres mentionnés au 4° ci-dessus, le ministre de la défense peut désigner des officiers généraux d'une autre armée ou formation rattachée.
Les officiers généraux mentionnés au 3° et 4° ci-dessus sont tirés au sort sur une liste de trois noms d'officiers généraux.

Lorsque, parmi les comparants, figurent un ou plusieurs militaires qui n'ont pas un grade d'officier général, le conseil prévu à l'article R. 4137-110 comprend, en outre pour chacun de ces comparants, un militaire du même grade et, sauf impossibilité, plus ancien dans le grade, de la même armée ou formation rattachée. Ces militaires sont tirés au sort sur une liste de trois noms établie par le ministre de la défense.

Le conseil supérieur prévu à l'article R. 4137-110 délibère et vote distinctement par comparant. Prennent part à chaque délibération et à chaque vote :
1° Les membres du conseil mentionnés aux 1°, 2° et 3° de l'article R. 4137-110 ;
2° Et le membre mentionné soit au 4° de ce même article, soit à l'article R. 4137-111, pour la délibération et le vote relatifs au comparant au titre duquel il a été désigné.

En cas d'absence illégale ou de désertion du militaire au cours de la procédure, celle-ci se poursuit en l'absence de l'intéressé. Mention est faite de l'absence illégale ou de l'état de désertion du militaire dans chaque document établi au cours de la procédure.
En cas d'absence illégale ou de désertion avant la procédure, une sanction disciplinaire du troisième groupe peut être prononcée sans que soit demandé l'avis d'un conseil supérieur. Dans ce cas, la décision prononçant la sanction disciplinaire doit être précédée de l'envoi à la dernière adresse connue du militaire d'une mise en demeure, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception, l'enjoignant de rejoindre sa formation administrative et lui indiquant les conséquences disciplinaires de son abandon de poste.