Au vu de l'ordre d'envoi, la constitution du conseil supérieur, la nomination de ses membres et la désignation du rapporteur sont effectuées par le ministre de la défense.

Le ministre de la défense notifie simultanément au comparant l'ordre d'envoi devant le conseil supérieur et le nom du rapporteur désigné. Il l'avise qu'il peut désigner un défenseur de son choix. Il l'invite à se tenir, ainsi que son défenseur, à la disposition du rapporteur.

Pour la désignation des membres du conseil supérieur en relation avec le grade détenu par le comparant, une liste de trois noms d'officiers généraux, par siège à pourvoir, est établie par le ministre de la défense conformément aux dispositions de l'article R. 4137-95.
Lorsque, pour une armée ou une formation rattachée, la situation des effectifs ne permet pas de constituer complètement les listes, le ministre de la défense les arrête en faisant appel à des officiers généraux relevant d'une autre armée ou formation rattachée que le comparant.

Les membres du conseil supérieur mentionnés à l'article R. 4137-98 sont désignés par tirage au sort sur les listes mentionnées à l'article R. 4137-98. En même temps que chaque titulaire, sont désignés, dans l'ordre du tirage au sort, deux suppléants appelés à siéger, lorsque l'indisponibilité des titulaires est constatée ou qu'ils ont été récusés en application des dispositions de l'article R. 4137-100.

Le ministre de la défense notifie au comparant et à son défenseur la liste des membres du conseil supérieur et de leurs suppléants et les informe qu'ils disposent, au reçu de cette notification, d'un délai de huit jours francs pour récuser trois au plus des militaires figurant sur les listes des membres mentionnés à l'article R. 4137-98. Ce droit de récusation ne peut s'exercer sur plus d'un des trois noms correspondant à chacun des sièges.
A l'expiration de ce délai, le ministre de la défense notifie la décision portant constitution du conseil supérieur au comparant et à son défenseur et les invite à se tenir à la disposition du président du conseil supérieur.