L'agent comptable de la caisse nationale est nommé par le conseil d'administration de la caisse nationale et agréé par le ministre chargé de la sécurité sociale et le ministre chargé du budget.

L'agent comptable national est chargé des opérations comptables et financières de la caisse nationale et en assume la responsabilité sous le contrôle du conseil d'administration.

Les comptes annuels de la caisse et les comptes combinés annuels du régime sont établis par l'agent comptable national et, après avoir été visés par le directeur de la caisse nationale, présentés au conseil d'administration.

Toute décision de caractère individuel prise en matière de gestion du personnel est communiquée à l'agent comptable qui porte mention de la disponibilité des crédits correspondants et de sa conformité aux autorisations budgétaires.

En cas de vacance d'emploi, d'absence momentanée ou d'empêchement de l'agent comptable, ses fonctions sont exercées par un agent comptable secondaire ou un fondé de pouvoir qu'il a préalablement désigné à cet effet.