Le Haut Conseil dispose d'un secrétaire général, nommé par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, et chargé, sous l'autorité du président, de la gestion administrative du Haut Conseil, de la préparation et du suivi des travaux ainsi que de toute question qui pourrait lui être confiée.

Le secrétaire général est en outre chargé de l'examen des documents retraçant les opérations des contrôles auxquels la Compagnie nationale des commissaires aux comptes et les compagnies régionales ont procédé en application du b de l'article L. 821-7 ainsi que de l'examen de toute question portant sur des cas individuels dont le Haut Conseil est saisi.

Lorsque l'examen des documents ou des cas individuels mentionnés à l'alinéa précédent fait apparaître une question de principe justifiant un avis du Haut Conseil, le secrétaire général saisit celui-ci après avoir instruit le dossier qu'il présente sous une forme anonyme.

Chaque année, le secrétaire général présente au Haut Conseil un rapport sur les contrôles auxquels il a été procédé en application du b de l'article L. 821-7. Il rend compte de ces contrôles en garantissant l'anonymat des situations évoquées.

Il peut saisir à toutes fins le procureur général compétent. Il peut saisir la Compagnie nationale des commissaires aux comptes de toute demande d'information complémentaire.

Dans l'exercice de ses missions le secrétaire général est assisté de services placés sous son autorité et peut faire appel à tout sachant ou expert.

Des rapporteurs et des secrétaires sont nommés par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, auprès du Haut Conseil lorsque celui-ci connaît des décisions des commissions régionales d'inscription ou siège en appel des décisions des chambres régionales de discipline.

Les fonctions de commissaire du Gouvernement sont assurées par le directeur des affaires civiles et du sceau ou son représentant.

Tout membre du Haut Conseil du commissariat aux comptes informe le président :

1° Des fonctions économiques ou financières qu'il a exercées au cours des deux années précédant sa nomination, qu'il exerce ou qu'il s'apprête à exercer ;

2° De tout mandat de direction, d'administration, de surveillance ou de contrôle qu'il a détenu au sein d'une personne morale au cours des deux années précédant sa nomination, qu'il détient ou qu'il s'apprête à détenir.

Aucun membre ne peut délibérer dans une affaire en lien avec les fonctions ou mandats mentionnés aux 1° et 2°.

Les fonctions de membres sont incompatibles avec toute fonction au sein de la Compagnie nationale des commissaires aux comptes ou d'une compagnie régionale.

En cas de manquement grave manifestement incompatible avec l'exercice de ses fonctions commis par un membre du Haut Conseil, l'intéressé, après avoir été invité à présenter ses observations, est mis en demeure de régulariser sa situation, faute de quoi il est déclaré démissionnaire d'office par le Haut Conseil statuant, à bulletin secret, à la majorité des membres le composant.

Le Haut Conseil du commissariat aux comptes adopte son règlement intérieur, qui fixe notamment les conditions de création et de fonctionnement des commissions consultatives spécialisées prévues à l'article L. 821-3, dont au moins deux relatives respectivement à l'appel public à l'épargne et aux associations. Ce règlement arrête en outre les modalités de règlement des conflits d'intérêt ponctuels qui peuvent affecter ses membres et précise les conditions dans lesquelles le Haut Conseil sollicite le concours de la Compagnie nationale des commissaires aux comptes.

Le règlement intérieur est homologué par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, et publié au Journal officiel de la République française.